第二，在审查逮捕、审查起诉案件中发现并移送线索。一是和刑事检察部门建立案件线索相互移送和信息共享机制。刑事检察部门发现公益诉讼案件线索的,可以及时向民行部门移送。对在查办案件、审阅卷宗时发现的生态环境、国有资产保护、土地出让金、食品药品安全领域等公益诉讼案件线索，及时通报、移交给民行部门，全面挖掘公益诉讼线索。同时，全国检察机关开展为期两年的破坏环境资源犯罪专项立案监督活动，和危害食品药品安全犯罪的“两个专项”立案监督活动，其中破坏环境资源犯罪的专项立案监督是公益诉讼环境资源保护的重点案件范围。二是刑事检察部门审查起诉的案件范围广、涉及的刑事案件类型多样。可以将近年来非法采伐、毁坏国家重点保护植物罪、非法采矿罪、非法占用农用地罪、污染环境罪等涉及检察机关提起公益诉讼案件范围的刑事案件数据进行统计，并在各地区进行通报，根据统计数据与刑检部门进行对接，对对应案件是否有民事、行政公益诉讼线索进行排查。
第三，控告申诉部门依控告或举报移送线索。控告检察部门是检察机关直接依靠群众同贪污贿赂、渎职等国家工作人员职务犯罪作斗争的有效形式，控告申诉部门作为检察机关窗口单位具有其一定的特殊性，其主要职责中，对属于检察机关管辖的控告、举报材料，属于本院管辖的，均移送主管业务部门办理。目前，人民群众越来越关注居住地的周边环境，对于污染生产企业的排污情况更加敏感、对于行政机关对排污企业的监管力度更加关注。因此，要加强与控告申诉部门的协作配合，充分发挥控告申诉部门这个窗口的特殊作用，引导人民群众及时提供环境污染造成损害的案件线索，深挖通过控告、举报取得的公益诉讼案件线索。依托原有的诉讼监督案源发现机制，建立公益诉讼线索发现联系人、联系点机制，控告申诉部门应及时将相关线索向民行部门进行移送。同时，检察机关也要加大检察监督职能的宣传力度，一是以各地检察机关提起的公益诉讼开庭审理为契机，适时召开新闻发布会，宣传检察机关开展公益诉讼工作成效，发动群众向检察机关控告、举报公益诉讼线索。二是与控告申诉部门共同做好对来访群众的引导工作。对于人民群众反映不实、社会影响较大，但不涉及公益诉讼案件线索的问题，也要妥善做好人民群众的解释、说服和新闻舆论正确引导工作，与行政机关共同创造良好的行政执法环境。
三、在履行生态保护检察工作中发现线索
各地检察机关结合各地开展的“保护生态环境、建设美好家园”等专项活动，积极履行检察监督职责，通过查办破坏生态环境的刑事案件，对于公共利益受到损害、行政机关没有履行监管职责的情形向行政机关发出督促履行职责的检察建议，对于侵害公共利益的侵权行为提起民事公益诉讼。福建省院制定下发了《加强民事行政检察部门与生态资源检察部门协作配合的若干意见》，进一步明确检察机关民事、行政和生态检察部门在办理公益诉讼案件中的职责分工，增强监督合力。通过专门设立的生态检察保护部门已取得的可吸收、借鉴的好的经验做法，可以在全国检察机关继续进行生态保护检察工作，并与民行检察部门建立线索发现和移送、案件信息共享机制，为公益诉讼提供生态环境和资源保护等方面的案件线索。
四、通过与其他单位、部门建立外部协作机制发现线索
目前，除“两法衔接平台”这一覆盖面十分有限的固定渠道外，检察机关仍然缺乏其他获取行政执法信息的日常途径，线索发现具有较大的偶然性。许多诉前程序案件线索往往是在媒体曝光后、舆论关注后、群众举报后，才进入法律监督的视野。因此，应结合案件来源机制建设，建立与行政机关案件线索移送机制，建立健全常态化、制度性的行政执法信息获取途径和方法。
一是积极争取地方党委、人大的领导和支持。公益诉讼工作的开展与推进，离不开地方党委、人大、政府和有关部门的支持。各地检察机关获得地方党委、人大的支持不仅表现在公益诉讼案件的诉前督促履职、提起诉讼等环节，在线索发现环节仍然尤为重要。有了地方党委、人大的领导和支持，可以将当地行政机关遇到执法阻力、长期得不到执法解决的问题，通过党委、人大交办、督办的方式转化为公益诉讼案件线索，并为进一步进行诉前督促和提起诉讼打好基础。
二是加强与行政机关的协调和联系，建立常态机制。建立依法行政与检察监督工作互动机制。依托该机制，加强与环保、国土、林业、物价、人防等部门的沟通联系，加强执法信息分析和梳理。同时，通过宣传改革政策，介绍改革思路，明确各方在促进依法行政、维护公共利益这个总体目标上的一致性，消减抵触情绪，赢得理解支持。在污染环境、生态保护公益诉讼的案件中，由于这类侵权行为具有隐蔽性且检察机关并非环境公益的直接受害者和环境保护的管理者，检察机关较少能直接获得线索，往往通过群众举报、环境保护部门移送案件、检察机关其他部门办理案件中发现等方式来获取线索。而环境保护部门是环境保护的直接管理者，承担着日常环境管理和保护工作，在处理大量的环境污染案件中容易发现问题，其移送的案件通常有价值，也是环境污染类案件线索的主要来源。因此，检察机关应通过会签文件、联席会议等方式与环境保护部门等行政机关加强协作，建立工作联系机制，并在公益诉讼案件的移送责任部门、移送范围、移送时间、移送程序等方面达成共识，在各行政机关及全社会扩大对民行检察的社会认知度和影响力。同时，及时消除行政机关可能对公益诉讼的误解和抵触，推动检察监督与行政监察、行政复议等行政机关内部纠错机制的有效衔接。
