分阶段评定的重要意义在于：一是有利于与统计、统一业务与审查起诉案件被设置成两个独立的案件，分别要依次经历从受案、审查、办结直至流程终结等办案流程。相应地，在统计检察官办案数量时，也是将审查逮捕案件和审查起诉案件计作２ 起案件。对同一个案件的批捕阶段办案质量和公诉阶段办案质量分别作出评定，有利于与统一系统保持一致。二是有利于对问题精准定位。发现问题是手段，提高办案质量才是目的。分阶段评定，强调对发现的问题要如实反映，通过明确案件质量问题发生在哪一个具体的诉讼阶段，有利于对问题点、易错点进行集中的归纳整理，以及对同类问题的集中反馈、集中整改，有利于检察官在规范自身司法行为、保证办案质量的过程中有的放矢。三是有利于强化检察官对逮捕独立价值的重视。捕诉一体后，检察官在大控方的格局下，因最终目标是在庭审中指控犯罪，容易导致办案过程中会不自觉地将工作重心放在公诉环节，而忽视批捕环节的独立价值。例如，拔高逮捕的证据标准，将逮捕证据标准和起诉证据标准混同，造成应当逮捕的犯罪嫌疑人未被逮捕；或者忽视逮捕的刑罚条件和必要性条件审查，造成构罪即捕的问题。这些也是捕诉一体的反对者所提出的担忧之一，因此评查强调要分别对两个诉讼阶段的案件办理进行评定，以此引导检察官重视逮捕的独立价值。
综上，全流程评价与分阶段评定相辅相成，强调评查工作要充分尊重检察官办案的独立性和亲历性，立足诉前程序的整体性进行全面检查，既对检察官积极自我纠错行为保证案件最终结论正确给予肯定，又对批捕、起诉等独立诉讼环节中存在的办案质量问题作出客观的评价。
二、围绕监督职能履行，调整评查重点
（一）调整重点案件评查范围
《关于完善人民检察院司法责任制的若干意见》第２９ 条以及最高人民检察院《人民检察院案件质量评查工作规定（试行）》确立了常规抽查、重点评查、专项评查三种评查方式，实现了评查工作的“面、点、线”三位一体的结合。其中重点评查是对案件最有可能出现结论性错误或其他重大质量问题的情形进行整理归纳，通过预先设定几类特殊情形案件，引导评查工作聚焦高质量风险案件，对该类案件做到每案必查，深入分析。
上海检察机关高度重视重点案件的评查，在２０１５年评查工作办法中确定了十五类重点评查案件，涵盖了刑检、民行、控申等各办案部门办理的案件。最高人民检察院《人民检察院案件质量评查工作规定（试行）》下发后，结合捕诉一体模式下案件办理的新情况、新特点，《细则》在确定重点评查案件时，对２０１５ 年确定的范围进行了适当调整（即《规程》第３９ 条）。其中涉及捕诉一体的主要是以下两类案件的增加：一是增加了绝对不批准逮捕案件。主要是考虑到这类案件实际上很难再被移诉，诉讼程序在批捕环节即告终结，并且绝对不捕案件往往还涉及非法证据的排除、违法侦查活动的监督等，有必要纳入重点评查范围，既是对检察官办案行为的监督，也是对检察官监督行为的监督。二是增加了不批准逮捕的犯罪嫌疑人移送起诉后，作不起诉处理的案件。主要是考虑到捕诉一体后，案件客观上没有经过捕、诉环节不同检察官的审查，捕诉之间的横向监督弱化，同时，因此类案件的刑事诉讼流程在检察环节即告终结，案件质量无法经历法庭庭审控、辩、审三方开放式的检验，案件质量风险大大提升，特别是在司法责任制背景下，检察官可能存在下行处理、一错到底的道德风险。因此，有必要加大对此类案件的监督检查力度。
（二）强化对监督职能履行的评查
捕诉一体的质疑者认为，捕诉一体削弱了检察机关的法律监督职责，与宪法地位不匹配等。实际上，《规程》专章规定了“诉讼监督”，从追捕、追诉，立案、侦查活动监督，审判监督，同类问题监督四个方面对检察机关履行监督职能进行了明确和强调。评查与之相呼应，上海检察机关在《标准》中将“刑事诉讼监督案件”单列一章，涵盖了上述监督职能履行的各个方面，明确规定检察官在办案过程中怠于或错误履行监督职责造成不同程度后果的分别评定为瑕疵案件或不合格案件（其中瑕疵案件列举了九种情形，不合格案件列举了五种情形），同时在优质案件评查标准中明确将监督成效突出作为评判标准之一，旨在通过评查引导办案人员重视监督职能的履行。如《标准》中规定，“公安机关侦查活动、法院审判活动中存在重大违法行为，办案人员因审查不当未进行监督、提出监督意见，导致犯罪嫌疑人被超期羁押、引发冤假错案等严重后果的，可以认定为不合格案件”。
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